ITMI, sebagai organisasi yang sah memiliki tatanan struktur organisasi ditingkat pusat (Nasional) sebagai berikut:
Pengurus Pusat
- Ketua Umum: Ust. Yogi Madsuni
- Sekretaris Umum: Heri Mujianto, S.H.I, M.Pd
- Bendahara Umum: Ajad Sudrajad
- Wakil Sekretaris Umum: Irfan Priyadi, S.S
- Wakil Bendahara Umum: Ahmad Solihin, S.Th.I
Bidang-bidang & Departemen
- Ketua Bidang Organisasi: Eka Setiawan, S.Pd
- Ketua Departemen Pembinaan Wilayah dan Daerah: Hidayat
- Ketua Bidang Pendidikan dan Dakwah: H. Heppi Septian, S.Ag
- Ketua Departemen Pendidikan: Ali Afandi, S.Ag
- Ketua Departemen Dakwah: H. Sahril Laode Sika, S.Ag
- Ketua Bidang Pemberdayaan dan Kemuslimahan: Ipan Hidayatulloh, M.Pd
- Ketua Departemen Pemberdayaan Ekonomi dan Ketenagakerjaan: Dra. Lies H. Agustarini
- Ketua Departemen Potensi Muslimah: Synthia Cempaka Dewi
- Ketua Departemen Hukum dan Advokasi: Abdullah Fikri, S.H.I, M.Si
- Ketua Departemen Taklim: Asep Kosasih, S.Pd.I
- Ketua Departemen Kepemudaan dan Manajemen Crisis Center: Amin Rasyid, S.Pd
Unit Media Publikasi, Riset & Teknologi
- Ketua: Drs. Toto Sugihatno
- Anggota: Pii Jali Fadli, S.Pd
- Anggota: Dwi Citolaksono, S.Pd
- Anggota: Roja Mubarok, S.Pd
Majlis Syura
- Ketua: Ahmad Rojiin Faqih
- Wakil Ketua: Aidin
- Sekretaris: Furqon Hidayat, S.Pd
- Anggota: Drs. M. Nadjmudin
- Anggota: Widodo Sulistianto, M.Pd
- Anggota: Drs. Entis Sutisna
- Anggota: Sumardi, S.Pd.I
- Anggota: Son Haji
- Anggota: Endi Risyanto
